Bioinformatique

Un poste de maître de conférences en informatique pour un profil recherche Bioinformatique (section 27 et 65) est ouvert au concours à l'Université Pierre et Marie Curie (UPMC) pour la session synchronisée (candidatures du 23/02/12 au 27/03/12, prise de fonction au 01/09/12).

Numéro de l'emploi : 1645

Nature du concours (PR ou MCF) (se reporter aux articles 46 et 26 du décret n°84-431du 6 juin 1984 modifié) : MCF

Assistant Professor of Bioinformatics

The position is open to computer scientists preferably developing their research in the field of data analysis of clinical and omics data but not uniquely. This research will find bioinformatics applications to the study of the physiopathology of complex diseases such as cardiometabolic ones. We encourage very good and highly motivated candidates working in other bioinformatics fields such as system biology, network analysis, data integration to apply as well. The following domains are of interest: machine learning (both supervised and unsupervised) in very high dimension, bayesian network to integrate heterogeneous data, methods in metagenomics. Applications in all these areas will be attentively examined.

The assistant professor will participate in the teaching of the Computer Science courses proposed by the Department of Computer Science at the Licence level, as well as in the bioinformatics courses of the Master Program BMC (sequence analysis, structural bioinformatics, population genetics, phylogeny, image analysis).

The "Université Pierre et Marie Curie" in Paris is one of the largest (30,000 students, 3,250 researchers) in France and it features a dynamic and valuable work site in the heart of Paris. The candidate will join the "NUTRIOMICS" team, headed by Prof. MD. K. Clement, Team N°7 of the UMR INSERM 872 (Cordeliers Research Center). The laboratory provides an interdisciplinary environment by regrouping biologists, medical doctors, statisticians and computer scientists interested in cardiometabolic diseases and related bioinformatics. This team collaborates with several European Centers in the field via EU consortia. The candidate ought to be open to collaborations with biologists and medical doctors that represent a large part of the team.

Enseignement

Le nouveau recruté devra enseigner au sein s'impliquer au sein des départements de licence et master mention informatique de la faculté d´ingénierie, l'UFR 919 pour aider à la gestion de ces programmes. Comme tout enseignant-chercheur de l'UPMC, le candidat retenu aura vocation à assurer, sur le long terme, des enseignements dans tous les cycles avec, notamment, une participation majoritaire être effectuées dans des UE de la licence d'informatique (L1, L2 ou L3). Des cours de bioinformatique seront aussi à assurer en master. Parmi les besoins les plus importants aujourd'hui, notons l'encadrement des unités d'enseignement, des programmes et des parcours professionnels, autant en licence (licence pro) que master.

Recherche

Nous souhaitons recruter un candidat informaticien présentant un intérêt pour des recherches dans le domaine de la bioinformatique et l´analyse de données biomédicales et omiques. Un des objectifs général de l´axe bioinformatique de l´équipe 7 de l´UMR 872 (Nutriomique) est de concevoir et mettre en œuvre des méthodes du champ de l´intelligence artificielle et des statistiques pour aborder des problèmes de la bioinformatique du transcriptome et de d´intégration de données d´origines multiples (cliniques, biologiques, environnementales). Le projet s´est enrichi en 2009 de donnée sur le métagenome au travers de programmes ANR (MicroObes) et Européens (Métahit).

Les méthodes utilisées sont d´une part des algorithmes d´apprentissage automatique supervisé et non supervisé mais aussi ceux de changements de représentation (réduction de dimension, fusion de données et construction d´attribut). Les données utilisées proviennent principalement d´expérimentations menées dans le cadre de l´équipe Nutriomique par les chercheurs cliniciens et biologistes dont le but est de comprendre les mécanismes biologiques des obésités humaines et d´identifier de nouvelles cibles physiopathologiques et des prédicteurs des complications cardiométaboliques. Cette approche sera étendue aux thématiques développées par d´autres équipes du CRC et dans le cadre du projet IHU "ICAN" (Institut Cardiometabolique et Nutrition) dont la problématique est très proche et avec lesquelles les interactions sont une priorité.

Des ressources biocliniques ont déjà été accumulées pendant les dernières années par les équipes impliquées en cardiométabolisme et nous développons des approches informatiques nous permettant d´aborder les aspects multifactoriels de ces maladies en intégrant un grand nombre d´informations issues de la génétique, de la clinique et de la génomique fonctionnelle (puces à ADN notamment) et de la métagenomique en interaction avec des équipes INRA. Notre équipe a su au cours des années passées développer des compétences dans l´analyse et la fouille de données complexes et le candidat devra soutenir l´un des axes de recherche suivant liés aux points clefs mentionnés plus haut : l´apprentissage de réseaux bayésiens, la prédiction à partir de données omiques, l´intégration de données multiples clinique, biologiques et " omiques " pour identifier de nouvelles cibles et prédicteurs cliniques orientes en cardiométabolisme.

Le candidat aura à charge de développer les interactions entre les équipes du centre et plus généralement de l´UPMC abordant des approches de traitement bioinformatique des données dans les maladies humaines complexes.

En conclusion. Pour être en adéquation avec les objectifs de recherche définis, la (e) candidat(e) aura une expertise en bioinformatique applicable à l'analyse et/ou la fouille de données omiques. Des compétences dans la conception et l´utilisation d´algorithmes issues de l'intelligence artificielle (apprentissage, réseaux bayésiens, ...), des statistiques ou des systèmes complexes (analyse de réseaux) seront un atout. Il montrera ses capacités à travailler avec des chercheurs d´horizons multiple en déployant une recherche en bioinformatique avec une vision "biologie des systèmes".
Laboratoire(s) d´accueil :

L´équipe 7 " NUTRIOMIQUE " de l´UMRS 872 mixte INSERM UPMC a été renouvelé au 1er Janvier 2009 et notée A+ par l´AERES. L'équipe est reconnue mondialement pour ses études sur la physiopathologie complexe de l'obésité et des maladies métaboliques. Elle travaille en particulier sur la bioinformatique du transcriptome et l´intégration des métadonnées en général, et en particulier l´analyse et la fouille de données génomiques, cliniques et transcriptomiques liées à l´obésité dans une visée intégrative tenant donc compte des dimensions macro et micro environnementales. Cette équipe compte une trentaine de personnes (dont une douzaine de permanents) et propose un environnement de travail multidisciplinaire constitué par une partie de biologistes, de médecins et une partie d´informaticiens (bioinformatique et biostatistique). C´est cet axe qu´il s´agira de renforcer.

Contacts :
Recherche :

Karine Clément, responsable de l´équipe NUTRIOMIQUE
Jean-Daniel Zucker, responsable de l´axe bioinformatique de Nutriomique

Enseignement :

Alessandra Carbone, responsable de la filière ""Bioinformatique, Biomathématiques et Modélisation"
Jean-Luc Lamotte, directeur du département de licence informatique
Jean-Claude Bajard, directeur du département de master informatique